Родился в Челябинске. После окончания Челябинского музыкального училища им. П. И. Чайковского поступил в Уральскую государственную консерваторию им. М. П. Мусоргского в класс профессора Е. А. Левитана. Также окончил аспирантуру в классе Е. А. Левитана.

Во время обучения, после окончания консерватории и аспирантуры проводил сольные концерты во многих городах России.

В 1995 году завоевал I Премию на Международном конкурсе пианистов в Мадриде.

Преподавал специальное фортепиано в Челябинской государственной академии культуры и искусств (1994–1997).

Профессор Высшей школы музыки в городе Порту (Португалия, 1997–2024). За эти годы дал множество как сольных концертов, так и камерных в содружестве с известными музыкантами, среди них пианисты — Б. Березовский, Н. Луганский, В. Виардо, М. Жоау Пиреш, В. Сахаров; виолончелисты — С. Иссерлиц, Н. Гутман, А. Князев; скрипачи — И. Гитлис и Д. Шварцберг; вокалисты — С. Лейферкус, Е. Брылева, З. Соткилава.

Выступал с Уральским академическим филармоническим оркестром, Национальным оркестром Порту, Оркестром Гульбенкяна (португальским симфоническим оркестром, Лиссабон). Гастролировал в Германии, Франции, Бельгии, Нидерландах, Испании.

Информация о Евгении Нефедове содержится в «Энциклопедии современного искусства», «Энциклопедии города Челябинска».